Câu lạc bộ được thành lập năm 1999, sau sự sáp nhập của hai câu lạc bộ J. League, Yokohama Flügels và Yokohama Marinos năm trước đó. Cổ động viên của Flügels từ chối việc phải bắt đầu cổ vũ cho Marinos, đối thủ của họ. Thay vào đó, cùng với số tiền quyên góp được và liên kết với IMG, một công ty quản lý tài năng, các cổ động viên cũ của Flügels thành lập Câu lạc bộ Thể thao Yokohama Fulie. Tiếp theo đó họ theo mô hình socio của FC Barcelona, Fulie Sports Club thành lập Yokohama F.C., câu lạc bộ thể thao chuyên nghiệp đầu tiên của Nhật Bản được sở hữu và điều hành bởi cổ động viên